Шишкин признан виновным по части 1 статьи 290 (получение должностным лицом взятки) и части 2 статьи 286 Уголовного кодекса (превышение должностных полномочий). Также по приговору суда Шишкин лишен права занимать должность на государственной службе сроком на три года.

Шишкин, выступая с последним словом, согласился с представленными ему обвинениями. Он попросил суд учесть слабое здоровье, а также то, что он уже 1,5 года находится под стражей. Суд и следствие установили, что Шишкин летом 2007 года в своем служебном кабинете получил через посредника взятку в 1,2 миллиона рублей. Взятку передал по требованию Шишкина представитель частных инвесторов, которые финансировали строительство торгово-промышленного комплекса, а вице-губернатор сообщил инвесторам, что в ответ он будет курировать стройку и способствовать созданию льготных условий в реализации проекта.

Кроме того, было установлено, что 6 июня 2007 года Шишкин дал указание руководству краевого государственного унитарного предприятия "Приморский водоканал" бесплатно выделить ему для личных целей легковой автомобиль и двух водителей.

Гособвинение требовало приговорить бывшего вице-губернатора Приморья к 12 годам лишения свободы. Это максимальное наказание, предусмотренное частью 4 статьи 290 УК РФ (получение взятки должностным лицом через посредника в крупном размере).

Адвокаты подсудимого настаивали, что действия Шишкина следует квалифицировать как "коммерческий подкуп" по части 3 статьи 204 Уголовного кодекса, санкция которой предусматривает лишение свободы до трех лет.